Jaman
dahulu Tieg menciptakan manusia dan Seru dengan dua dunia berbeda.
Dunia Legaia untuk manusia dan dunia Seru-kai untuk Seru. Untuk menjaga
keduanya dia menciptakan sepuluh pohon Genesis di dunia manusia dan
satu pohon Genesis induk di Seru-kai. Untuk pemerintahan Seru-kai, Tieg
menciptakan kelompok Seru dengan bantuan khusus Ra-Seru. 100 tahun
(menurut kalender dunia Legaia), muncul Rogue yang berhasil membuka
batas antara manusia dengan Seru.
Rogue
berhasil memasuki dunia Legaia dan menciptakan manusia menjadi
bawahannya. Dunia Legaia pun diselimuti kegelapan. Tieg lalu mencoba
untuk menyegel Rogue kedalam pohon Genesis. Tapi sisa dari Seru yang
sudah berada di dunia manusia menjadi lepas kendali. Hingga dia memilih
tiga orang terpilih untuk mengembalikan semuanya seperti semula....